Choć na szczęście nie doświadczamy tego w chowie i hodowli amatorskiej, chomiki są bardzo wrażliwe na różne choroby infekcyjne. Właśnie z tego powodu od początki swojej XX-wiecznej kariery używane były w badaniach na gruźlicą, brucelozą, nosówką, grypą, wścieklizną, pryszczycą, tularemią, chorobą kala-azar i wieloma innymi. Wykorzystano je również do badań modelowych nad próchnicą zębów i chorobami nowotworowymi.
Zasadniczo jednak chomiki trzymane w domu, nie mające styczności z wyżej wymienionymi chorobami, są zdrowe i zadowolone z siebie. Obowiązkiem hodowcy jest regularne kontrolowanie stanu zdrowia podopiecznych.
Najczęściej pojawiającą się dolegliwością chomików jest biegunka spowodowana niewłaściwym pokarmem. Przeważnie po usunięciu szkodliwych produktów z diety stan ich zdrowia szybko ulega poprawie.
Leczenie poważniejszych chorób, na które może zapaść chomik, należy do lekarza weterynarii. Pokutujące jeszcze czasem przekonanie, że weterynarz takich małych zwierząt nie leczy, jest błędne. Zadaniem hodowcy jest, jak najszybciej po zauważeniu objawów świadczących o nieprawidłowościach i chorobie, dostarczenie małego pacjenta, gdzie można udzielić mu pomocy.

Przyczynami choroby chomika mogą być:
» Zepsute lub jednostajne jedzenie
» Przeciąg
» Szybka zmiana temperatur
» Za niska lub za wysoka wilgotność powietrza
» Mokra wyściółka
» Brak higieny w klatce
» Za wysoka lub za niska temperatura
» Brak możliwości do ścierania zębów i pazurków
» Inne zwierzęta
» Budzenie podczas snu

Objawy choroby u chomika:
» Apatyczne zachowanie
» Łyse pola w sierści
» Chudnięcie
» Biegunka
» Kichanie, Charczenie
» Brak apetytu
» Krwawienie, zaschnięte rany
» Kuśtykanie, ciągnięcie jednej nogi za sobą
» Unikanie światła
» Stałe drapanie, zaczerwienienie skóry